Universitas Alma Ata (UAA) Yogyakarta termasuk salah satu pioneer penyelenggara Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) di Yogyakarta. Hadirnya Program Studi PGMI Universitas Alma Ata merupakan salah satu bentuk ikhtiar dalam rangka turut serta menjawab tantangan perbaikan mutu kualitas pendidikan tingkat dasar di Indonesia. Berdasarkan laporan Education For All (EFA) Global Monitoring Report 2011: The Hidden Crisis, Armed Conflict and Education yang dikeluarkan oleh UNESCO, Indeks pembangunan pendidikan atau education development index (EDI) Indonesia adalah sebesar 0,934. Angka ini menempatkan Indonesia di posisi ke-69 dari 127 negara di dunia.
Program Studi Pendidikan Guru MI (PGMI) Fakultas Agama Islam Universitas Alma Ata berdiri tahun 2007 sesuai keputusan Menteri Agama Direktur Jenderal Pendidikan Islam dengan nomor Dj.I/ 494/ 2007 tertanggal 17 Desember 2007, sesuai dengan izin oprasional prodi Dj.I/ 494/ 2007 tetanggal 24 Mei 2012 dan telah terakreditasi BAN-PT dengan nomor 013/BAN-PT/Ak-XV/S1/VI/2012, dan telah reakreditasi pada tahun 2014 dengan nilai “B” sesuai dengan SK BAN-PT No. 437/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2014 dengan tanpa visitasi dari tim Assesor BAN-PT. pada saat ini PGMI beroprasional berdasarkan SK kementrian Agama tahun 2016 No. tertanggal 13 Desember 2016 melebur dalam Universitas Alma Ata di dalam Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan. Kemudian berdasarkan Keputusan LAMDIK No. 317/SK/LAMDIK/Ak/S/III/2024 PGMI meraih akreditasi UNGGUL.
Program Studi PGMI hadir dalam rangka turut serta mencetak lulusan calon guru/ pendidik MI/ SD yang profesional, berkompeten dan unggul di bidang inovasi pembelajaran dan pendidikan dasar berbasis pada pengembangan keilmuan, riset, dan IPTEK terbarukan dan menghasilkan lulusan calon guru MI/ SD yang berkarakter, cinta ilmu, cinta tanah air dan bangsa, bervisi global, berjiwa wirausaha, ber-akhlak al-karimah dan mengabdi untuk pengembangan pendidikan dasar dan kepentingan umat.