Universitas Alma Ata (UAA) Yogyakarta resmi didirikan dan diselenggarakan oleh Yayasan Alma Ata pada tanggal 21 Desember 2015 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 155/KPT/I/2015. UAA merupakan perubahan bentuk dari Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Alma Ata (UNIVERSITY) yang didirikan pada tanggal 29 Juni 2006 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No: 108/D/0/2006, dan Sekolah Tinggi Ilmu Agama Alma Ata (STIA). Melalui Surat Keputusan Rektor: 195/A/SK/UAA/XI/2021. Universitas Alma Ata saat ini memiliki empat (4) fakultas yang terdiri dari; (1) Fakultas Komputer dan Teknik (FKT), (2) Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB), (3) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK), dan (4) Fakultas Ilmu-Ilmu Kesehatan (FIKES).
Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) Universitas Alma Ata saat ini mengelola lima program studi, yaitu Program Studi Sarjana Pendidikan Matematika, Sarjana Pendidikan Guru Dasar, Sarjana Pendidikan Guru MI, Sarjana Pendidikan Agama Islam, dan Magister Pendidikan Agama Islam. Sebagai lembaga pendidikan tinggi swasta di bawah LLDIKTI Wilayah V, wajib melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang meliputi pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Masing-masing bidang ini akan dikembangkan secara terarah sesuai dengan visi, misi, tujuan dan sasaran Universitas Alma Ata. Dengan berlandaskan nilai-nilai ajaran Islam Rahmatan Lil Alamin, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) berupaya berkomitmen membangun keunggulan dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi guna mewujudkan visi dan misi Universitas. Nilai-nilai ini menjadi fondasi kuat dalam setiap langkah dan kebijakan, serta dijadikan pedoman kerja bagi seluruh manajer dan staf, memastikan sinergi dan profesionalisme dalam mencapai tujuan pendidikan yang holistik, beretika, dan berkelanjutan.
Program Studi Pendidikan Agama Islam Sekolah Tinggi Ilmu Agama Alma Ata didirikan oleh para cendekiawan muslim dan ulama untuk membangun masyarakat yang profesional, menjunjung tinggi nilai-nilai keilmuan dan mengedepankan kaidah ilmiah sebagai landasan amal perbuatannya. Program Studi Pendidikan Agama Islam Sekolah Tinggi Ilmu Agama Alma Ata (Program Studi PAI STIA Alma Ata) diselenggarakan sejak bulan Mei 2007 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No.Dj. I./220.D/2007 Tentang Persetujuan Pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta Tahun 2007.
Program Studi Pendidikan Agama Islam di Universitas Alma Ata memiliki penciri khusus yang mengarahkan mahasiswa untuk menjadi pendidik profesional yang berlandaskan pada nilai-nilai Islam moderat serta mampu beradaptasi dengan tantangan zaman melalui penguasaan inovasi dalam pembelajaran. Dengan pendekatan integratif-interdisipliner, prodi mengembangkan potensi mahasiswa dalam softskill, kewirausahaan, dan penerapan inovasi dalam pembelajaran dengan kegiatan praktik lapangan di berbagai lembaga pendidikan.
