Program studi Pendidikan Matematika saat ini telah merintis dan menjalin kerjasama dengan berbagai pihak. Kemitraan dan kerjasama ini diharapkan menunjang pengembangan Prodi Pendidikan Matematika ke depan, meningkatkan kualitas proses pembelajaran dan lulusan sarjana Pendidikan Matematika yang mampu bersaing di tantangan global. Beberapa instansi dan mitra kerjasama yang sudah terjalin dengan baik yaitu:
- SMK Al Munawir
- MTs Ali Maksum YK
- MTs Ma’arif Temon Kulon Progo
- SMP Ali Maksum Yk
- SMPN 14 Yogyakarta
- SMPN 3 Yogyakarta
- SMPN 1 Salam Magelang YK
- MI MA’ARIF Blendengan
- MI MA’ARIF Candran
- MI Darul Ma’arif 1 Serut
- MI Falahussyabab
- MI Ma’arif Al Iman Sorogenen YK
- MI Ma’arif Saman YK
- MIN Yogyakarta II
- MIN Jejeran YK
- MI Ma’arif Sendang Kulon Progo
- MI Ma’arif Kuncen Seloboro
- SDIT Baik Krapyak YK
- SD NU Yogyakarta
- SDN Suryodiningratan III YK
- SDN Sendangsari YK
- SD Standar Nasional Keputran
